13:45 2023-10-02 science - citeste alte articole pe aceeasi tema
Comentarii Adauga Comentariu

_ ARN-urile lungi necodificatoare ale grâului au fost dezvăluite: un salt în înțelegerea dezvoltării cerealelor

_ Grâul este lung non- codificarea ARN-urilor dezvăluite: un salt în înțelegerea dezvoltării cerealelor

Grâul este un aliment de bază la nivel mondial și joacă un rol esențial în mijloacele de trai a miliarde de oameni. Deși ARN-urile lungi necodificatoare (lncRNAs) au fost recunoscuți ca regulatori cruciali ai numeroaselor procese biologice, cunoștințele noastre despre lncRNA-urile asociate cu dezvoltarea boabelor de grâu (Triticum aestivum) rămân minime.

Seed Biology a publicat o lucrare online intitulată „Un atlas cuprinzător al ARN-urilor lungi non-coding oferă o perspectivă asupra dezvoltării cerealelor în grâu” la 4 septembrie 2023.

Pentru a elucida peisajul lncRNA-urilor din grâu, studiul a realizat genomul - secvențierea ARN-ului specific pentru catene largi (ssRNA-seq) pe endosperma de cereale la 10 și 15 zile după polenizare (DAP) și a integrat 545 seturi de date transcriptom disponibile public din diferite stadii de dezvoltare și țesuturi. Conducta de analiză a fost adaptată dintr-un studiu anterior cu modificări, a procesat datele ARN-seq în trei pași primari: cartografiere, asamblare și filtrare.

Rezultatele au identificat 20.893 de lncRNA în grâu. Caracterizarea acestor lncRNA-uri a indicat o lungime medie a transcriptului de 900 bp și au fost predominant o structură cu un singur exon (48%), cu o suprapunere semnificativă cu retrotranspozoni repetăți terminali lungi (LTR, 41,40%).

Comparativ cu proteina. -genele de codificare (PCG), lncRNA-urile de grâu prezintă lungimi de transcriere mai scurte, mai puțini exoni și o expresie specifică țesutului mai mare decât PCG-urile, iar modelele lor de expresie au fost corelate pozitiv cu PCG-urile adiacente. Mai mult, analiza distribuției lncRNA-urilor în cele trei subgenoame de grâu (A, B și D) a arătat că 90,7% dintre lncRNA-uri erau exclusivi unui singur subgenom, sugerând că lncRNA-urile au traiectorii evolutive diferite în comparație cu PCG.

Pentru a asigura accesul eficient la aceste date despre bogăție, acest studiu a dezvoltat baza de date cuprinzătoare wLNCdb (http://wheat.cau.edu.cn/wLNCdb), care oferă diverse instrumente pentru a explora profilurile lncRNA de grâu, inclusiv modele de expresie, co- rețele de expresie, adnotări funcționale și polimorfisme cu un singur nucleotide în rândul accesărilor de grâu.

În special, folosind wLNCdb, autorii au identificat lncRNA TraesLNC1D26001.1, care reglează negativ germinația semințelor, deoarece supraexpresia sa întârzie germinarea semințelor de grâu prin suprareglarea Abscicii. insensibil la acid 5 (TaABI5). Mai mult decât atât, acest lncARN pare să co-exprima cu genele asociate cu biosinteza amidonului și proteinelor din grâu, subliniind rolul său potențial de reglare în dezvoltarea cerealelor și calitatea utilizării finale.

În rezumat, acest studiu de pionierat oferă un cuprinzător harta lncRNA-urilor de grâu. wLNCdb, cu multitudinea de informații și setul de instrumente avansate, pune bazele pentru viitoarea explorare și analiză a funcțiilor lncRNA-urilor.

Această cercetare nu numai că ne aprofundează înțelegerea rolurilor lncRNA-urilor de grâu, în special în timpul dezvoltării semințelor. , dar deschide și calea pentru valorificarea acestor cunoștințe pentru a crește randamentul și calitatea grâului în viitor.

(Fluierul)

Inapoi