16:17
Comentarii Adauga Comentariu

_ Un cadru universal pentru biologia spațială

_ Un cadru universal pentru biologia spațială

Procesele biologice sunt încadrate în contextul în care au loc. Un nou instrument dezvoltat de Stegle Group de la EMBL Heidelberg și Centrul German de Cercetare a Cancerului (DKFZ) ajută la punerea rezultatelor cercetării în biologie moleculară într-un context mai bun de împrejurimile celulare, prin integrarea diferitelor forme de date spațiale.

Într-un țesut, fiecare celulă individuală este înconjurată de alte celule și toate interacționează constant între ele pentru a da naștere unei funcții biologice. Pentru a înțelege cum funcționează sau funcționează defectuos țesuturile în boli precum cancerul, este crucial nu numai să învățăm caracteristicile fiecărei celule, ci și să ținem cont de contextul lor spațial. Caracterizarea cantitativă a celulelor în contextul spațiului fizic pe care îl locuiesc este cheia pentru înțelegerea sistemelor complexe.

Tehnologiile care permit aceste tipuri de explorare se numesc tehnologii omice spațiale, iar dezvoltarea lor în progres contribuie la creșterea numărului de celule. popularitatea biologiei spațiale. Astfel de tehnologii pot oferi informații detaliate despre componența moleculară a celulelor individuale și aranjarea lor spațială.

Cu toate acestea, aceste tehnologii se concentrează pe diferite caracteristici ale unei celule, cum ar fi nivelurile de ARN sau proteine, iar seturile de date rezultate sunt gestionate. și stocate în diverse moduri. Pentru a rezolva această provocare, un proiect de colaborare condus de Stegle Group a dezvoltat SpatialData, un standard de date și un cadru de software care le permite oamenilor de știință să reprezinte datele dintr-o gamă largă de tehnologii spațiale omice într-o manieră unificată.

De-a lungul timpului. ultimul deceniu, numeroase tehnologii au fost dezvoltate atât de mediul academic, cât și de industrie pentru vizualizarea spațială a țesuturilor, celulelor și compartimentelor subcelulare. Cu toate acestea, fiecare tehnică se concentrează pe un număr mic de caracteristici dezirabile și prezintă compromisuri aferente. De exemplu, Visium de la 10x Genomics captează informații despre expresia tuturor genelor dintr-un țesut, dar nu oferă o rezoluție cu o singură celulă.

În schimb, testul 10x Genomics Xenium, MERFISH sau platforma MERSCOPE de la Vizgen produc hărți cu granulație fină ale expresiei genelor cu rezoluție subcelulară. Cu toate acestea, aceste teste sunt în prezent limitate la câteva sute de gene preselectate. Iar lista de astfel de tehnologii, fiecare oferind o mică parte din imaginea completă, continuă să crească.

Această eterogenitate a tehnologiilor se reflectă pe partea computațională printr-o eterogenitate și mai mare a formatelor de fișiere: fiecare tehnologie vine cu propriul format de stocare și, adesea, datele generate de aceeași tehnologie pot fi stocate în mai multe formate.

Practic, acest lucru aduce mai multe provocări pentru analiza datelor omice spațiale. Metodele de vizualizare și analiză sunt de obicei adaptate unei anumite tehnologii, ceea ce limitează compatibilitatea datelor și face dificilă integrarea diferitelor metode într-o singură conductă de analiză. Cu toate acestea, pentru o înțelegere holistică a unui sistem biologic, este important să se analizeze simultan diferite caracteristici celulare sau mostre din diferite locații.

Tehnologiile Omics generează cantități enorme de date (terabyți de imagini, milioane de celule, miliarde de molecule individuale), cerând soluții de inginerie optimizate. Prin urmare, biologia spațială are nevoie urgentă de un cadru universal care să poată integra date prin experimente și tehnologii și să ofere perspective holistice asupra sănătății și bolilor. Aici intervine SpatialData.

„Există o nevoie puternică de a stabili soluții comunitare pentru gestionarea și stocarea datelor spațiale omice. În special, este nevoie de a dezvolta noi standarde de date și baze de calcul care să permită unificarea abordărilor de analiză în întreaga lume. spectru complet de diferite tehnologii spațiale omice care apar”, a declarat Oliver Stegle, lider de grup la EMBL în Unitatea de biologie a genomului și șeful diviziei de genomică computațională și genetică a sistemelor din Centrul german de cercetare a cancerului (DKFZ).

„Un prim pas major în această direcție este SpatialData, un standard de date și un cadru software care unește și adaptează conceptele anterioare de gestionare a datelor de la multi-omic cu o singură celulă la domeniul spațial.”

SpatialData unifică și integrează date din diferite tehnologii omice, punând în legătură tehnologiile de ultimă generație cu un cadru care permite accesul și manipularea datelor cu performanțe computaționale.

Acest instrument a fost introdus într-o publicație Nature Methods, autor de Luca Marconato în timpul doctoratului. la EMBL în Stegle Group, o diplomă comună cu Facultatea de Bioștiințe a Universității din Heidelberg.

„Am dezvoltat cadrul SpatialData pentru a atenua provocările de reprezentare a datelor atunci când studiem biologia spațială, astfel încât cercetătorul să poată concentrați-vă pe analiza biologică, mai degrabă decât să fie încetinită de manipulările obositoare de date, altfel necesare chiar și doar pentru a vizualiza datele Cadrul oferă o reprezentare unificată și implementează operații ergonomice pentru procesarea convenabilă a datelor spațiale”, a spus Marconato.

Instrumentul permite oricărui cercetător să-și importe datele și să efectueze sarcini precum reprezentarea, procesarea și vizualizarea datelor. În plus, oferă opțiunea de a adnota în mod interactiv datele și de a le salva într-un format independent de limbă, facilitând apariția strategiilor de analiză care combină metode din diferite limbaje de programare sau comunități de analiză.

Cadrul a fost creat. dezvoltat ca un proiect de colaborare între mai multe instituții precum DKFZ, Universitatea Tehnică din München, Centrul Helmholtz München, German BioImaging, ETH Zürich, VIB Center for Inflammation Research din Belgia, precum și grupurile Huber și Saka de la EMBL.

„Ne-am desfășurat cercetarea și dezvoltarea tehnologică, ținând cont de beneficiile pentru comunitatea științifică mai mare”, a spus Giovanni Palla, co-primul autor și Ph.D. student la Helmholtz Center München.

„Nu numai că am stabilit un proiect de colaborare interdisciplinară între institutele de cercetare, dar am lucrat îndeaproape cu dezvoltatori care lucrează cu diferite tehnologii spațiale și în diferite limbaje de programare pentru a aborda problema interoperabilității. ca urmare, cadrul nostru este compatibil cu marea majoritate a testelor de omică spațială din mediul academic și din industrie.

„Fiind publicate în mod deschis, alți cercetători pot folosi acum liber SpatialData pentru a-și gestiona propriile date și pentru a avea posibilitatea de a colabora în diverse tehnologii și subiecte de cercetare."

"În lucrarea noastră, ilustrăm trei caracteristici importante ale SpatialData", a explicat Kevin Yamauchi, co-primul autor și cercetător postdoctoral la ETH Zürich.

"În primul rând, prezentăm o interfață standardizată și un format de stocare unificat (bazat pe OME-NGFF) pentru toate tehnologiile spațiale omice. În al doilea rând, folosind reprezentarea unificată, integrăm semnale din mai multe modalități. Aici, transferăm adnotări peste modalități și cuantificăm semnalele folosind aceste adnotări transferate. În cele din urmă, vă prezentăm o modalitate de adnotare interactivă a imaginilor (patologice) și de a folosi adnotările pentru a analiza profilurile moleculare asociate."

SpatialData oferă o reprezentare interactivă a datelor, atât pe hard disk-ul dvs., cât și pe RAM-ul computerului dvs., care permite analiza datelor de imagini mari sau a mai multor geometrii sau celule.

Alte caracteristici cheie proeminente sunt capacitatea cadrului de a alinia și adnota datele omice într-un sistem de coordonate comun. Astfel, SpatialData permite gestionarea și manipularea eficientă a seturilor de date spațiale, inclusiv definirea unui sistem de coordonate comun între tehnologiile bazate pe secvențiere și imagistică.

Echipa interdisciplinară a folosit cadrul SpatialData pentru a reanaliza un cancer de sân multimodal. set de date de la 10X Genomics ca dovadă de concept. Acest set de date cuprinde secțiuni consecutive ale aceluiași bloc de cancer de sân, în care fiecare secțiune este analizată folosind tehnologii diferite, cum ar fi Visium, Xenium și un set de date separat scRNA-seq.

Studiul demonstrează natura complementară a acestor tehnologii. . „Prin integrarea 10X Xenium și scRNAseq, am mapat tipurile de celule în spațiu”, a spus Elyas Heidari, Ph.D. candidat la DKFZ și unul dintre autorii studiului.

„În continuare, am folosit 10X Visium pentru a identifica clonele de cancer în spațiu. Acest lucru se poate face deoarece avem citiri la nivelul transcriptomului. În cele din urmă, am folosit Imaginile de microscopie colorate cu H&E pentru a identifica regiunile de interes pentru adnotările histopatologice. Această analiză a prezentat cu succes o aplicație unică a SpatialData în deblocarea analizelor multimodale ale seturilor de date rezolvate spațial.”

În viitor, tumora unui pacient ar putea. să fie analizate cu diferite tehnologii utilizate în mod obișnuit în clinică, cu datele apoi unificate de SpatialData pentru a obține o înțelegere holistică a tumorii. În plus, interfața interactivă ar permite medicului să adnoteze datele, permițând astfel analiza detaliată a regiunilor și caracteristicilor tumorale specifice, ceea ce poate duce la abordări de tratament personalizate.


(Fluierul)


Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Comentarii:


Adauga Comentariu



Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

_ Urmăriți: KJP �ncearcă să-l �nchidă pe Peter Doocy de la Fox pentru că l-a �ntrebat de ce Biden vorbește cu oamenii morți

_ Tot ce poate merge prost cu sânii tăi - și ce să faci în privința asta: ghidul definitiv al DR PHILIPPA KAYE

_ MIKE JOHNSON �N PROBLEME: Reprezentantul Thomas Massie anunță că �și va uni forțele cu MTG pentru a-l �nlătura din funcția de vorbitor � Johnson �și poate permite doar să piardă un vot GOP

_ De ce programe de slăbit foarte utile în cazul unora, eșuează lamentabil la alții?

_ Lucrător IT „care și-a ucis șeful milionar și soțul ei otrăvindu-i cu fentanil” a spus poliției că este predispusă la supradoze.

_ Moderna �nregistrează pierderi de 1,2 miliarde de dolari pe măsură ce cererea pentru COVID Jab se prăbușește, promite investitorilor un vaccin de �generația următoare� pentru a combate noile tulpini

_ Cei mai în vârstă gemeni siamezi, Lori şi George Schappell, s-au stins la vârsta de 62 de ani

_ Papa Francisc va vizita câteva țări din Asia

_ 'Era un bărbat de doamne!' Cum era cu adevărat vedeta Baby Reindeer

_ Școlile închise, avertismente emise pe măsură ce Asia se înăbușește într-un val de căldură extrem

_ CAROLINE WEST-MEADS: „Partenerul prietenului meu o folosește ca bilet de masă”

_ Cum valurile și amestecul determină sistemele de revărsare de coastă

_ HORROR: Un american și frați australieni uciși �n timpul unei călătorii de surf �n Mexic, hoții �și aruncă trupurile �ntr-o f�nt�nă ad�ncă de 50 de picioare

_ Politica de predare a cuțitului zombi de la Labor, care oferea compensații pentru lamele avea „defecte uriașe” și putea costa până la 1,1 MILIOANE de lire sterline

_ Atenţionare de călătorie: Cod roşu de valuri mari şi vânt în Portugalia

_ Studentă suspendată după ce protestul anti-Israel s-a pl�ns că se confruntă cu consecințe pentru acțiunile ei

_ Filmul „Sleeping Dogs”, cu Russell Crowe, bazat pe o carte a unui autor român, are premiera în SUA

_ Ilan Şor a declarat că Republica Moldova ar trebui să coopereze cu Uniunea Economică Eurasiatică pentru dezvoltarea economiei

_ Se schimbă tot ceea ce se știa până acum: Ar putea exista viață pe 'Luna' lui Jupiter. NASA a prezentat sonda care ar putea descoperi acest lucru / VIDEO

_ Gavin Newsom spune că democrații trebuie să fie îngrijorați de candidații terților în 2024 (VIDEO)

_ Fotbalul poate fi crud, a afirmat selecţionerul Africii de Sud după eliminarea de la Cupa Africii pe Naţiuni

_ Percheziții la Primăria Ploiești - Mai mulți funcționari vor fi duși la audieri (surse)

_ Video | Accident teribil în Constanța. Sunt doi morți

_ URMĂȚI: Un deputat din Georgia înregistrează un videoclip cu străini ilegali ascunși într-o cameră ascunsă, sub protecție militară, pe aeroportul din Atlanta

_ Programele de transformare au şanse de reuşită de 12 ori mai mari prin concentrarea pe factorul uman

_ LIVE TEXT - Război în Ucraina: Kievul anunță că și-a triplat producția de arme

_ Cine este soția lui Dave Myers, Liliana Orzac? Faceți cunoștință cu femeia „remarcabilă” care l-a susținut pe starul Hairy Biker în călătoria sa „teribilă” împotriva cancerului

_ O pierdere pentru lumea modei: Iris Apfel s-a stins la vârsta de 102 ani

_ DEZVOLTARE: SUA oprește finanțarea agenției ONU �n urma acuzațiilor de implicare a angajaților �n masacrul din Israel din 7 octombrie

_ În partea a treia a noului roman de neratat al autorului One Day David Nicholls, capul lui Marnie este întors de un străin enigmatic. Conrad era cel mai frumos bărbat pe care l-a văzut vreodată - dar nu știa el...

_ UE îşi propune să lanseze o misiune navală în Marea Roşie până la jumătatea lunii februarie

_ Gigi Becali se teme de Ion Ţiriac! Nu mai are nicio şansă în faţa magnatului. Îi va lua faţa imediat

_ Ciucă, replică pentru Ciolacu după ce premierul a ironizat județul condus de Gheorghe Flutur: PNL a arătat că este partidul cu cei mai eficienţi aleși locali

Căratorul de genti al agentului KGB Sikviu Brucan, pe nume Lucian Mîndruță a făcut afirmații șocante într-o emisiune a Digi FM,

Prăbușirea demografică a României se datorează în integralitatea partidelor sistemului care au condus România 35 de ani

_ Algeria's 'foggara' irrigation system: How farmers keep oases green

_ Echipa feminină de tenis de masă a României, calificată la Jocurile Olimpice de la Paris

_ „Voi, americanii, sunteți fascinați de putere”

_ CHIAR ÎN: Rep. Tim Burchett trimite o scrisoare Comitetului de Supraveghere al Camerei, solicitând investigarea scrisorilor democraților către companii private prin care le cere să cenzureze mass-media conservatoare și One America News Network

_ Primul genom complet al unui șarpe ajută la înțelegerea istoriei sale evolutive

JD Vance, vicepreședintele SUA, mesaj dur în apărarea lui Călin Georgescu: Alegerile din România au fost anulate pe baza unor suspiciuni nefondate ale unei agenții de informații și a presiunii UE -

Ce este o Lovitură de Stat? A fost împiedecat Călin Georgescu să devină duminică seara pe 6 Decembrie 2024, Președintele României, printr-o lovitură de stat?

_ Record de beneficiari de ajutor social în decembrie 2023

_ Secretarul de Externe David Cameron spune că este „profund îngrijorat” de planurile Israelului de a invada Rafah

_ Doi adulți au fost identificați și acuzați �n cadrul unei �mpușcături la parada din Kansas City � Autoritățile refuză să numească tinerii �narmați aflați �n prezent �n custodie

_ Marea Britanie nu mai este destinaţia favorită a investitorilor hotelieri: Spania este noua perlă

_ Femeie grav rănită după ce a fost atacată de câinele ei de talie mare, în curtea casei

_ Înțelegerea acidului iasmonic: un comutator care activează autofagia în petalele de Arabidopsis

_ Stoltenberg de la NATO se așteaptă ca SUA să rămână „aliat angajat”, chiar dacă Trump se întoarce

_ Mandate de cinci ani pentru aleşii locali, propunere legislativă depusă în Parlament

_ Ce a făcut Bill Gates după ce tatăl său a fost diagnosticat cu boala Alzheimer

_ Un virus extrem de contagios, care provoacă vărsături, se răspândește masiv în Marea Britanie

Cum și de ce a fost recrutat Friedrich Merz de Black Rock

_ Raport: Bătăliile pe care democrații se luptă pentru procedurile de vot ridică semnale de alarmă asupra integrității alegerilor

_ Tensiuni la COP29: Negocierile privind finanţarea pentru climă au ajuns într-un impas.

_ COMENTARIU Lelia Munteanu: Fost ministru al Securităţii Naţionale: "Distrugerea Hamas, dacă ar fi posibilă, ar putea submina securitatea israeliană"

_ Horoscopul zilei de 24 februarie 2024. Berbecii trebuie să fie mai productivi

_ 'Doar un idiot ar vota' - Trump cere respingerea în Congresul SUA a legii care acordă Ucrainei și Israelului miliarde de dolari

_ MOVEMENT BUILS pentru a-l �ndemna pe reprezentantul Mike Gallagher să demisioneze �nainte de 9 aprilie pentru a stimula alegeri speciale � sau scaunul va fi lăsat deschis p�nă �n ianuarie! �MTG conduce acuzația!

_ Am păzit unii dintre cei mai cunoscuți prizonieri ai Marii Britanii - de aceea este GREȘIT să-l țin pe „Hannibal Canibalul” Robert Maudsley închis într-o temniță de sticlă


Pag.1 Pag.2 Pag.3 Pag.4 Pag.5 Pag.6 Pag.7
Pag.8 Pag.9 Pag.10 Pag.11 Pag.12 Pag.13 Pag.14 Pag.15
Pag.16 Pag.17 Pag.18 Pag.19 Pag.20 Pag.21 Pag.22 Pag.23
Pag.24 Pag.25 Pag.26 Pag.27 Pag.28 Pag.29 Pag.30 Pag.31
Pag.32 Pag.33 Pag.34 Pag.35 Pag.36 Pag.37 Pag.38 Pag.39
Pag.40 Pag.41 Pag.42 Pag.43 Pag.44 Pag.45 Pag.46 Pag.47
Pag.48 Pag.49 Pag.50 Pag.51 Pag.52 Pag.53 Pag.54 Pag.55
Pag.56 Pag.57 Pag.58 Pag.59 Pag.60 Pag.61 Pag.62 Pag.63
Pag.64 Pag.65 Pag.66 Pag.67 Pag.68 Pag.69 Pag.70 Pag.71
Pag.72 Pag.73 Pag.74 Pag.75 Pag.76 Pag.77 Pag.78 Pag.79
Pag.80 Pag.81 Pag.82 Pag.83 Pag.84 Pag.85 Pag.86 Pag.87
Pag.88 Pag.89 Pag.90 Pag.91 Pag.92 Pag.93 Pag.94 Pag.95
Pag.96 Pag.97 Pag.98 Pag.99 Pag.100 Pag.101 Pag.102 Pag.103
Pag.104 Pag.105

Nr. de articole la aceasta sectiune: 6248, afisate in 105 pagini.