13:19 2024-03-21
science - citeste alte articole pe aceeasi tema
Comentarii Adauga Comentariu
_ Legionella necultivabilă identificată prin secvențiere
_ Legionella necultivabilă identificată cu secvențiere< /h3>
Boala legionarilor (LD), un tip rar și sever de pneumonie, este o infecție respiratorie cauzată de specii de bacterii Legionella. Una dintre cele mai precise moduri de a diagnostica LD este efectuarea culturii pe probe din tractul respirator inferior al pacientului, dar acele mostre sunt dificil de obtinut. În plus, creșterea culturilor necesită medii de cultură specializate și timpi și condiții de incubare de care multe laboratoare le lipsesc; ca urmare, LD este probabil subdiagnosticată.
În Jurnalul de Microbiologie Clinică, cercetătorii de la Departamentul de Sănătate al Statului New York din Albany descriu o abordare rentabilă pentru utilizarea secvențierii întregului genom pentru a identifica L. pneumophila care nu necesită cultivare. Cercetătorii spun că metoda ar putea fi folosită pentru a analiza mai bine specimenele disponibile și pentru a permite o supraveghere mai atentă a focarelor de LD, în special în locuri sau cazuri în care cultivarea este dificilă.
„Este o provocare când există un focar și avem câteva mostre. , dar nu putem scoate un izolat de cultură”, a spus Kimberlee Musser, Ph.D., șeful de boli bacteriene la Departamentul de Sănătate al statului New York. Noua metodă nu necesită creșterea acelui izolat, a spus ea. „Ne bazăm doar pe organismul care se află în specimen.”
Abordarea se bazează pe o tehnică numită momeală ARN. Începe cu organisme cunoscute pentru care cercetătorii au deja culturi. „Le tăiem în bucăți mici”, a spus Musser, și apoi generăm ARN asociat cu acele specii. Ei folosesc acele fire de ARN - momelile - pentru a extrage ADN-ul din specimenul necunoscut, care poate fi apoi secvențiat și confirmat.
Abordarea lor, numită captura prin hibridizare, sa dovedit deja utilă. Unul dintre cele mai mortale focare de LD din istoria SUA a avut loc în 2015, într-o comunitate cu venituri mici din South Bronx din New York City. Focarul a ucis 16 persoane și a spitalizat peste 100 de persoane. Investigația i-a condus pe cercetători, inclusiv pe Musser, la aerosoli dintr-un anumit turn de răcire din zonă ca sursă.
Cu toate acestea, nu toate cazurile au fost legate în mod clar de tulpina culpabilă folosind secvențierea întregului genom. În noua lucrare, Musser și colegii ei au folosit capturarea prin hibridizare pe mostre de autopsie (care nu au putut fi cultivate) de la victimele focarului din 2015 și au reușit să identifice sursa focarului în unele cazuri.
„[Autopsia”. ] probele sunt adesea unele dintre cele mai greu de cultivat, așa că este foarte util să avem o metodă pe care să o putem folosi pentru a secvenționa aceste probe”, a spus Phil Weeber, cercetător la Departamentul de Sănătate din New York și unul dintre primii trei autori ai studiului. hârtie.
„Am vrut să putem utiliza noua metodă fără a fi nevoie să avem izolatul de cultură”, a spus Musser. „Extragem doar informațiile pe care le dorim. Ne oferă într-adevăr piese din puzzle pe care nu le aveam anterior.”
În lucrările anterioare, echipa lui Musser a folosit capturarea prin hibridizare pentru a identifica Escherichia coli care produce toxina Shiga, folosind probe de scaun și fără a necesita culturi. Captura prin hibridizare, a spus ea, oferă o modalitate de a îmbunătăți supravegherea bolilor infecțioase.
„Ne aflăm într-o perioadă foarte interesantă cu aceste noi metode de secvențiere de ultimă generație”, a spus Musser, „și cred că cu atât mai mult munca pe care o putem face pentru a înțelege și a utiliza mai bine o mulțime de metode, cu atât suntem mai aproape de a putea răspunde la multe întrebări în timpul investigațiilor de sănătate publică.”
Comentarii:
Adauga Comentariu