_ AI ajută la furnizarea celei mai complete hărți a interacțiunilor cheie pentru supraviețuirea bacteriilor

19:33 2024-02-22 science - citeste alte articole pe aceeasi tema
Comentarii Adauga Comentariu

Cercetătorii UAB au produs cea mai completă hartă a interactomului esențial bacterian, adică modul în care proteinele se combină și interacționează pentru a îndeplini funcții esențiale pentru supraviețuirea lor. Cercetarea, publicată în jurnalul eLife, a folosit instrumentul de inteligență artificială AlphaFold pentru a prezice și modela peste 1.400 de interacțiuni. Rezultatele au dezvăluit detalii necunoscute anterior ale acestor mecanisme și oferă ținte potențiale pentru dezvoltarea de noi antibiotice.

Bacterii îndeplinesc multe funcții care sunt cheie pentru supraviețuirea lor, cum ar fi producerea energiei de care au nevoie, Replicarea ADN-ului și diviziunea celulară pentru a se reproduce, sau sinteza membranei lor celulare pentru a se proteja și a interacționa cu mediul, printre altele. Toate aceste procese implică complexe care necesită acțiunea coordonată a unui set de proteine care sunt esențiale: fără ele, procesele nu au loc și bacteriile mor.

De aceea, cunoscând în detaliu cum sunt aceste procese de bază. reglementate, care proteine sunt implicate și modul în care acestea interacționează este esențială pentru înțelegerea mecanismelor de creștere, reproducere și supraviețuire a bacteriilor.

Tehnicile experimentale întreprinse până acum au permis identificarea a milioane de interacțiuni între proteine și mii de structuri. dintre aceste proteine, dar acestea sunt date brute care dau un număr mare de fals pozitive; interacțiuni care, în realitate, nu au nicio valoare.

Cu modelele de inteligență artificială dezvoltate recent, cum ar fi AlphaFold2, a fost posibil să se obțină structuri de proteine cu o acuratețe similară metodelor experimentale și să se facă diferența între proteinele autentice- interacțiunile proteinelor și interacțiunile false (false pozitive).

Cercetătorii de la Departamentul de Biochimie și Biologie Moleculară de la Universitat Autònoma de Barcelona au folosit modelul de inteligență artificială AlphaFold2 pentru a prezice setul de interacțiuni proteină-proteină care sunt esențiale pentru supraviețuirea bacteriilor, un total de 1.402 de interacțiuni posibile care alcătuiesc cea mai completă hartă a ceea ce se numește interactom esențial bacterian.

Toate aceste interacțiuni ne extind cunoștințele despre mecanismele de acțiune de care au nevoie bacteriile. să supraviețuiască și să ne permită să identificăm care interacțiuni proteină-proteină pot fi ținte pentru dezvoltarea de noi antibiotice.

„Am obținut o hartă a interactomului esențial bacterian în care toate interacțiunile care sunt esențiale pentru bacterii. a trăi și a se înmulți sunt adunate. Am caracterizat structural aceste interacțiuni folosind noi instrumente de inteligență artificială, în special AlphaFold", explică lectorul UAB Marc Torrent, directorul cercetării. „Credem că aceste structuri sunt o referință pentru dezvoltarea de noi antibiotice, deoarece moleculele care pot inhiba aceste interacțiuni. s-ar comporta ca antibioticele cu mecanisme de acțiune neobișnuite.”

Activitatea bacteriană implică între 4.000 și 5.000 de proteine. Acest set se numește proteom bacterian, dând naștere unui interatom care ar putea avea până la 20 de milioane de interacțiuni posibile. Dar se estimează că interacțiunile care au loc la o specie, de exemplu, în bacteria Escherichia coli, sunt limitate la aproximativ 12 000. Și nu toate aceste interacțiuni sunt esențiale pentru supraviețuirea bacteriei.

< Pentru a distinge interacțiunile esențiale, cercetătorii au considerat doar acelea în care cele două proteine care interacționează pentru a forma complexul sunt prezente în cel puțin două specii bacteriene diferite. Cu aceste filtre și cu ajutorul modelului de inteligență artificială AlphaFold2, cercetătorii au obținut un set de 1.402 de interacțiuni proteine-proteine esențiale.

Pentru a testa fiabilitatea AlphaFold2, echipa de cercetare a comparat predicțiile sale cu 140 de interacțiuni proteină-proteină care au fost obținute experimental în prealabil. Rezultatul a fost o putere predictivă pe care autorii o descriu drept excelentă, deoarece 113 dintre aceste interacțiuni experimentale (81%) au fost prezise de AI foarte precis.

Cercetătorii cred că multe dintre complexele de interacțiune proteină-proteină. care pot fi găsite în bazele de date experimentale ar putea fi fals pozitive.

Cercetătorii evidențiază descoperirea, folosind această metodă, a unui set de interacțiuni protein-proteină necunoscute anterior care acționează în nouă procese esențiale: biosinteza acizilor grași în membrana celulară, sinteza lipopolizaharidelor în membrana exterioară, transportul lipidelor, transportul proteinelor și lipoproteinelor în membrana externă, diviziunea celulară, menținerea formei alungite în bacili, replicarea ADN-ului pentru reproducerea bacteriană și sinteza ubichinonei.

O înțelegere detaliată a structurii acestor complexe de proteine recent descoperite oferă noi perspective asupra mecanismelor moleculare implicate în aceste procese bacteriene vitale și deschide calea pentru dezvoltarea de noi antibiotice.

(Fluierul)

Linkul direct catre Petitie

CEREM NATIONALIZAREA TUTUROR RESURSELOR NATURALE ALE ROMANIEI ! - Initiativa Legislativa care are nevoie de 500.000 de semnaturi - Semneaza si tu !

Citiți și cele mai căutate articole de pe Fluierul:

Romania - Numărul de Profesori la Numărul de Elevi

Securistoidul Pantazi un analfabet funcțional în domeniul economiei declara ritos că "distributivismul este baza marxismului". Mai dobitocule doctrina distributivista a fost creata de un Papă si dezvoltata de un alt Papă

Nimeni nu e mai presus de Lege. Nici măcar Curtean Constituțională

Motivarea judecatorului

Prăbușirea Apple demonstrează că a te gudura pe lângă Trump nu este o garanție a siguranței

Prăbușirea demografică a României se datorează în integralitatea partidelor sistemului care au condus România 35 de ani

Prăbușirea criptomonedelor TerraUS și LUNA s-a datorat unui grup restrâns de speculanți care au pariat "short"

Explicația pe scurt a Tarifelir vamale impuse de Trump și cât de mult ajută economia americană

Rezultatele sondajului Verifield

Donald Trump cere eliberarea lui Marine Le Pen și să fie lăsată să candideze. Nici un cuvânt despre anularea alegerilor și nici despre Călin Georgescu spre satisfacția sorosistilor și a slugilor lor care au dat Lovitura de Stat in România

SpaceX tocmai a făcut un pas mare spre reutilizarea amplificatorului Super Heavy al Starship

ActiveNewx - Bolojan și-a adus la Palat "societatea civilă" SOROS după modelul Iohannis pentru a discuta combaterea ”știrilor false” înainte de alegeri, adică perfecționarea cenzurii

Trăim în URSS. Procurorii CSM si seful PICCJ Alex Florenta cer cercetarea judecătoarei Boboc de la CA Constanta pentru hotararea prin care a stramutat dosarul lui Dan Diaconescu si a desfiintat condamnarea

Elon Musk a criticat vehement verdictul instanței franceze care a blocat candidatura lui Marine Le Pen la alegerile prezidențiale din 2027. Cazul Călin Georgescu a fost din nou Reamintit.

Ca și în cazul lui Călin Georgescu, Regimul Soroșist Macron o interzice pe Marine Le Pen. Le Pen găsită vinovată. Le Pen interzisă să candideze.

La fel ca și Călin Georgescu care avea peste 40% în turul întâi, Marine le Pen conduce detașat in sondaje pentru cursa prezidențială. E momentul ca regimul Neobolsevic Soroșist să o scoată din joc cum a făcut și la noi.

Viktor Orban: "Je suis Marine!". Gunoiul de Viktor Orban de interzicerea lui Călin Georgescu nu a spus nimic desi acesta nu era condamnat deloc. Ce înseamnă să fii lipsit de caracter

Un nou sondaj: Simion pe primul loc, Ponta pe doi. Sondaj Verifield comandat de Nicușor Dan.

Cazul Le Pen, ineligibilitate și executare provizorie: ce spune cu adevărat legea

Sorosistul Securistoid Bănescu noua Față Hidoase a Cenzurii Regimului UEist de la București

Ciutacu alias Saul Bruckner 2 in Scânteia 2 sau Cum sa înjuri in stil bolșevic românii doar pentru că votează cu cine vor ei? Tonomatul puterii pe nume Ciutacu care pupă poala Pucistului Ciolacu și a lui Gold Ponta înjură oribil votanții lui Georgescu

De ce sa înjuri votanții că votează cu cine vor ei? Tonomatul puterii pe nume Ciutacu care pupă la greu poala Pucistului Ciolacul și a lui Gold Corporation Ponta ii înjură oribil pe votanții lui Călin Georgescu.

De ce sa înjuri votanții că votează cu cine vor ei? Tonomatul puterii pe nume Ciutacu care pupă la greu poala Pucistului Ciolacul și a lui Gold Corporation Po ta ii înjură într-un mod oribil pe votanții lui Călin Georgescu.

De ce sa înjuri votanții că votează cu cine vor ei? Tonomatul puterii pe nume Ciutacu care pupă la greu poala Pucistului Ciolacul și a lui Gold Corporation Ponta ii înjură oribil pe votanții lui Georgescu

Ion Cristoiu: Votul din decembrie a fost moral Lumea s-a săturat de "politruceală" Da, inevitabil, ne despărțim de America (referindu-se la puciști)

Reacția Cristelei Georgescu după ce Puciștii care au dat Lovitura de Stat, l-au interzis pe soțul ei: „Nimic nu este pierdut atât timp cât credinţa este în picioare, cât sufletul nu abdică şi cât capul se ridică din nou.”

Adrian Onciu: Cine sunt, de fapt, extremiștii

CURS-ul lui Buble îl urca pe Crin Antonescu pe locul doi. Sondaj CURS pentru alegerile prezidențiale. 59% dintre români cred că direcția țării impregnată de Puciști este greșită

Ca în Botswana, fiecare Institut de sondare are un candidat preferat. SOCIOPOL-ul lui Palada îl urcă pe Ponta pe locul doi.

În sondajul Atlas Intel Soroșiștul Nicușor Dan, e pe locul doi

Pieleanu "face" sondaje "la refefon"

Ca și bolșevicii în 1946, Soroșiștii nu au stare până nu bagă Cenzura peste tot. Lasconi cere închiderea TikTok înaintea prezidenţialelor: "Fake news-ul să fie dat jos". Soroșiștii de la Funky Citizens decid ei de capul lor, ce e "fake news"

Ramurile Cominterniste directe sau prin alianță se susțin între ele. Celebrul Bombonel, alias Adrian Năstase, care a dat petrolul țării și multe alte bunuri naționale pe Nimic, îl susține pe Victor Ponta. Nu ai nenorocit destul țara asta Bombonele?

Subordonat rețelei soroșiste ca și Nicușor Dan, Bilderbergul Merz pune biciul pe germani. Germania se înarmează până în dinți și vrea să taie pensii, ajutoarele sociale și subvenția pentru energie

Viktor Orbán: "Nu mai puteam să stăm cu mâinile în sân şi să privim cum lanţurile de magazine jefuiesc oamenii". Vă amintiți cum au sărit Soroșiștii pe Călin Georgescu când ne-a spus că Multinaționalele ne jefuiesc? De ce AUR și Simion TAC pe această temă?

Calin Georgescu a avut dreptate când a arătat jaful multinaționalelor. Bulgaria înființează lanțuri de magazine cu adaos 10%, pentru a împiedeca multinaționalele să jefuiască populația. Puciștii de la noi sunt pe-o mână cu multinaționalele

Editorial Cornel Dinu. SMINTEALA clasei politice înaintea unor alegeri prezidențiale compromise din start

În 35 de ani de Soroșism, Familia Tradițională a fost distrusă. UE A AJUNS LA 700.000 DE DIVORȚURI Rata divorțurilor s-a triplat. Unu din doi copii se nasc in afara căsătoriei. Înțelegeți de ce Călin Georgescu a spus că Familia trebuie protejata?

Tăcerea democrației: strigătul unei națiuni pentru libertate<

Așadar dacă pacea se va încheia Nikolaev și Odessa vor rămâne în Ucraina, în sfera de influență Americană. Putin nu va revendica Odesa dacă americanii recunosc Crimeea, Donețk, Lugansk, Zaporojie și Herson ca părți ale Rusiei

Luptătorul din Arenă

Vă sună cunoscut? Am văzut în România. Primarul Istanbulului, progresistul Imamoglu, arestat Principalul adversar al lui Erdogan, Imamoglu își anunțase candidatura la președinție in 2028

Mișcarea Suveranistă e împărțită între "Turul Doi Inapoi" și "Sa mergem înainte cu Simion". Simion și Ana Maria Gavrilă trebuie sa sustina Rolul Important a lui Călin Georgescu în Statul Român dacă vor să castige

Micul Stalinist Nicușor Soros Dan ne spune că a&i lua unui om dreptul de a candida și milioanelor de români dreptul de a-l vota fără o condamnare "e o decizie corectă". Poate in URSS-ul lui Lenin, plicușor cu bani de la Soros

Așadar după mintea actualului Stat Soroșist și a cohortelor de sorosisti care aplaudă: Democrația înseamnă să anulezi alegerile, să-l interzicem, să-i facem dosar penal și să-l băgăm la zdup pe cel CARE A CÂȘTIGAT ALEGERILE PRIN VOT

România propusă de Călin Georgescu vs România puciștilor dirijați de progresista UE. Iată cum arată România Puciștilor : Șomajul în rândul tinerilor e cel mai mare din UE. La țară a ajuns peste 30%

Bilderbergul Macron: UE poate sprijini Ucraina fără aprobarea Rusiei trimițând mii de soldați din fiecare țară a UE.

Libertatea de exprimare a murit. Lasconi de la USR cere și mai multă CENZURĂ. Soroșismului Neobolsevic devine tot mai Totalitar. "cel puțin 2 televiziuni își fac de cap" "avem proiect de Lege" urlă Lasconi

Adrian Onciu - Active News : Continuă telenovela nord-coreeană de admitere sau respingere a candidaților la prezidențiale în funcție de cum dictează autorii loviturii de stat.

Fluierul Report